為方便夜間急診之求診者，仁伯爵綜合醫院於二零零二年六月三日開設了急診配藥部，由晚上九時至翌日早上九時為前往急診之求診者提供配藥服務。為繼續提升公立醫院服務，發揚以民為本的精神，醫院專科門診藥房將於七月二十日由位置較偏遠的地庫遷往醫院大堂正門側之位置(公共關係室舊址)。

由於門診求診者就診後須持醫生處方前往社區藥房領藥，但對於一些特殊藥物，例如：腎科、腫瘤科、受管制精神科、麻醉科等不宜在社區藥房調配之藥物，則由醫院專科門診藥房負責調配。原專科門診藥房位置較偏遠，對求診者特別是一些行動不便的病患造成極大不便。有見及此，院方於二零零五年開展了搬遷計劃，搬遷工程於本年六月峻工。新專科門診藥房地方較以前寬敞舒適，並引入了電子輪籌系統和優化了現有的發藥流程，保障了發藥的準確性，並為未來服務人群的增加作好了準備。此外還增設了藥物諮詢室，駐有專業藥劑師輔導病人用藥，病人可透過親臨、預約或醫生轉介等不同形式使用此一服務。新址服務時間維持不變(星期一至五早上九時至晚上八時，週六、日及公眾假期休息)。

二零零五年的服務數據統計顯示，全年使用專科門診藥房服務之求診人次達62811人，平均每天約有300人次。