遵照社會文化司司長2001年10月22日批示，衛生局設立了直接隸屬局長的疾病預防控制中心（技術單位）。公共衛生醫生湯家耀獲委任為該中心主任。

原衛生局屬下的多個公共衛生職能單位，包括流行病學監測組、健康教育組、食物衛生組、結核病防治中心、動物病媒控制組、環境衛生組、計劃及評核組該等之所有工作人員，以及駐各衛生中心之衛生工作組之人員及其職能全數整合於疾控中心，由其重新組織和協調。

根據設立批示，疾控中心執行衛生局組織法規定之促進及保障健康、預防疾病的職能，尤其包括：監測及研究本地區重點健康問題，尤其是傳染病、慢性非傳染病、職業有關疾病、傷害等，以及重點影響健康因素之情況；與有權限的國際機構，其他國家或地區相關部門建立資訊網絡，交換疾病控制訊息；及時向衛生行政機關、衛生服務機構、衛生專業人員、大眾傳播媒介及公眾發布健康資訊；為預防和控制重點健康問題，研究、擬定和建議衛生政策、法規和標準；為預防和控制重點健康問題，制定疾病防制計劃、方案和指引，推動並參與落實該等計劃和方案，並評價其成效；訂定及推行防疫接種計劃和疾病根治計劃；協調及推行環境、食物、職業、學校衛生等的監察工作；領導、支援及推行健康教育工作；制訂策略、支援及推行結核病防治工作；推行動物病媒控制工作；保證落實國際衛生有關工作；促進對公共衛生方面的重大或緊急情況的調查和處理工作，尤其是傳染病暴發、環境或食物污染事件等。

疾控中心現階段下設傳染病防制暨疾病監測、慢性病防制暨健康促進、環境及食物衛生、職業健康、衛生計劃等部門，結核病防治中心，病媒控制工作組，以及派駐於各區衛生中心的社區衛生工作組。另設公共衛生委員會，就所有重大公共衛生問題進行研討，根據衛生資訊，作出決策、建議或指引。

疾控中心的臨時總部設於士多紐拜斯大馬路51號華仁中心三樓。有關機構或市民倘有需要，可通過電話533525，傳真533524或電子郵箱cdc@ssm.gov.mo與疾控中心聯絡。關於各社區之疾病預防控制工作，亦可直接聯絡同區衛生中心之衛生工作組。

疾控中心主任表示，目前首要的短期目標是保證原正在進行的各項工作繼續順利開展，迅速確立新的工作方式和協作關係，實現全盤統籌。為能確實提高疾病預防控制工作的能力，除上級的重視外，在資源上需要較大的支持，在短期內尤其需要尋找合適的設施設置正式的總部和健康教育資源中心，以及增加專業和行政人力資源。未來疾控中心工作的發展，將以建立完整的資訊系統和決策系統為重點。