爲期兩天的第五屆內地、香港、澳門衛生行政高層聯席會議，於2006年11月7日在澳門旅遊塔會展娛樂中心閉幕。大會決定，第六屆內地、香港、澳門衛生行政高層聯席會議將於明年在香港特別行政區舉行。

兩天來，三地的衛生行政高層人員和專家分別就三地突發公共衛生事件應急合作協議執行情況、履行煙草控制框架公約的情況、醫療衛生體制建設、發展城市社區衛生服務、中醫藥在防病治病中的作用、醫院管理等内容發表了論文和交換意見。三地衛生行政高層人員均認爲，聯席會議已成爲推動改革、交流經驗、加強合作的重要平臺；在過往良好的合作基礎上，三地之間有需要繼續就應付突發事件、訊息溝通、技術和人員培訓等方面加強互動合作。

另外，經三方協商，為完善内地和港澳地區在重大傳染病疫情和突發公共衛生事件方面的應急協調和聯防聯控機制，加強公共衛生資訊通報和技術合作，不斷提高衛生聯合應急能力，根據三方簽署的《關於突發公共衛生事件應急機制的合作協定實施細則》，三方定於本月十三日聯合舉辦一次重大傳染病聯合防控演習。

澳方代表在會議上發表論文的情況如下：

衛生局局長瞿國英醫生的論文題目是《澳門——醫療衛生體制建設》；

衛生局副局長暨仁伯爵綜合醫院院長李展潤醫生的論文題目是《澳門——優化醫院專科醫療服務》；

衛生局副局長鄭成業醫生的論文題目是《澳門——發展城市社區衛生服務》；

衛生局疾病預防控制中心主任湯家耀的論文題目是《澳門——三地突發公共衛生事件應急合作協議執行情況》；

衛生局慢性病防制暨健康促進部協調員陳丹梅醫生的論文題目是《澳門——履行煙草控制框架公約的情況》；

衛生局筷子基衛生中心張悌醫生的論文題目是《澳門——中醫藥在防病治病中的作用》。

11月7日上午會議對相關議題進行了討論和小結，並對兩天的會議進行總結之後，大會一致通過了下屆會議將於明年在香港特別行政區舉行。