第五屆內地、香港、澳門衛生行政高層聯席會議定於2006年11月6日至7日在澳門特別行政區舉行。三地的衛生行政高層人員和專家將分別在會議上發表論文，議題主要包括：三地突發公共衛生事件應急合作協議執行情況、履行煙草控制框架公約的情況、醫療衛生體制建設、發展城市社區衛生服務、中醫藥在防病治病中的作用、醫院管理等内容。

内地及港澳衛生行政高層聯席會議定於11月6日上午10時在澳門旅遊塔會展娛樂中心四樓開幕，由澳門特別行政區政府衛生局局長瞿國英代表赴瑞士出席世界衛生組織大會的社會文化司司長崔世安致歡迎辭。國家衛生部副部長黃潔夫、香港特別行政區政府衛生福利及食物局局長周一嶽亦將在開幕式上致辭。在會議上發表論文的澳方代表包括：衛生局局長瞿國英醫生、衛生局副局長暨仁伯爵綜合醫院院長李展潤醫生、衛生局副局長鄭成業醫生、衛生局慢性病防治暨健康促進部協調員陳丹梅醫生、衛生局筷子基衛生中心張悌中醫生。

11月7日上午會議進行小結、討論及總結，並決定下屆會議之舉行地點及日期。

去年在雲南昆明舉行的第四屆内地、香港、澳門衛生行政高層聯席會議，三地衛生行政負責人共同簽署了“關於突發公共衛生事件應急機制的合作協定”，並決定第五屆內地、香港、澳門衛生行政高層聯席會議在澳門特別行政區舉行。